Zakat Melaka ditubuhkan pada 1996, sebelum itu semua pengurusan zakat dikendalikan dan dikendalikan oleh Kaunter Zakat Berkomputer. Majlis Agama Islam Melaka (MAIM) melalui Pusat Zakat Melaka (PZM) telah ditugaskan untuk melaksanakan pengurusan zakat secara profesional bagi mengutip dan mengagihkan zakat dengan berkesan dan sistematik serta bermatlamat untuk menjadikan zakat sebagai pemangkin ekonomi dunia umat Islam di Negeri Melaka. Sebelum penubuhan PZM, segala urusan berkaitan zakat yang dikendalikan oleh Lembaga Wakaf, Zakat dan Baitulmal (MAIM) yang mana skop kerjanya lebih tertumpu untuk mengurus dan mengagihkannya berdasarkan Enakmen Pentadbiran Hukum Syarak (Negeri Melaka) 1959.